fichier AMreF des taxons de l'AMF

Présentation du fichier AMF

L'ensemble des espèces de champignons trouvés par l'AMF est enregistré et maintenu dans un fichier Excel que l'on nomme "Fichier de l'AMF".

Ce fichier évolue au grè des sorties en fonction des changements de noms constatés. Cette mise à jour étant progressive un code de couleur a été instauré pour mieux en suivre la progression. En particulier, est amené à être mis en correspondance avec le fichier TAXREF de l'INPN.

Le fichier contient 2210 espèces (avril 2022).

  • Télécharger la dernière version du Fichier AMF des champignons :
    AMreF.xlsx     (version datée du 27/06/2024)

Spécification de champ du fichier de l'AMF

SEL
colonne de sélection des espèces trouvées lors des sorties (mettre "1" pour uneespece trouvée)
ID_AMF
IDentifiant unique attribué à chaque espèce. Il est immuable et permettra dans le temps de conserver les données associées, même si la taxonommie évolue.
Par exemple si une nouvelle espèce est insérée dans le fichier, un nouveau muméro ID_AMF supérieur à tous les autres sera créé.
D'autre part, si deux espèces fusionnent, les deux numéros existeront mais un deux contiendra des champs vides avec une indication vers l'ID_AMF du taxon de référence.
De cette façon deux version du fichier AMreF différents (par les noms ou par le nombre d'espèces) pourront toujours être triés sur de ID_AMF et comparés ligne à ligne sans risque de décallage.
FAM_AMF
Code de la "famille" (au sens large) : sert à savoir dans quel paquet est rangé la fiche papier pour les expositions.
MAJ
Date de la dernìere modification de la fiche avec éventuellement des informations supplémentaires sur la nature de sa mise à jour.
exemple 2021-05-14 syn1 (ou 20210514 syn1 ?)
lors de la phase actuelle de refonte du fichier, seul "V" (pour valide) est indiqué.
CD_NOM
code utilisé par TAXREF
FICHE
indique s'il existe une fiche papier pour l'exposition, si elle existe au nom valide ou au synonyme, si elle est dans les boites "de base" ou dans la boite "complément"
NOM_FR
nom français quand il en existe un, avec par ordre de choix prioritaire: nom du comité SMF, nom d'un livre récent, nom des bases internet (taxref, Mycodb), ancien noms du fichier AMO, autre nom trouvé sur internet.
NVAL
nom déclaré comme valide avec un choix pas toujours évident compte tenu des changements rapides actuels et des décalages entre les différentes données (bouquins, taxref, Mycodb, catalog of life, index fungorum...). Espérons que le travail amorcé dans la mise à jour de taxref va se poursuivre rapidement.
PHOTO
Nombre de photos sur le site
NVAL_AUT
auteur associé au nom valide retenu
SYN1
mon but est d'avoir ici le nom le plus couramment employé avant que ne soit attribué le nom valide actuel. Ce champ s'appelait avant "nom usuel". Je l'ai vidé des valeurs identiques au nom valide, et le renseignerais au fil des besoin en récupérant les noms de syn 2 ou 3 ou autres, selon un choix personnel tributaire de mon expérience ou de ce que donne les bouquins courants.
SYN1_AUT
auteur associé au synonyme 1
SYN2
autre synonyme "bien connu" utilisé dans le passé
SYN2_AUT
auteur associé au synonyme 2
SYN3
autre synonyme "bien connu" utilisé dans le passé
SYN3_AUT
auteur associé au synonyme 3
HABITAT
informations sur l'habitat (données récupérés de l'ancien fichier SMF).
COMEST
Indication de comestibilité (données récupérés de l'ancien fichier SMF puis adaptées).

(PARTIE OBSOLÈTE) Codage des couleurs dans le fichier de l'AMF

Par Denis Lecarpentier le 09/04/2018

Par contre en réponse à la dernière remarque de Maurice et en confirmation de ce que nous nous sommes dit cet après-midi,

Toutes les lignes qui font l'objet d'une coloration en colonne 2 ont, dans la colonne du nom usuel, le nom retenu dans TAXREF consulté sur le site de l'INPN. Ce n'est donc pas la peine de refaire des recherches dessus. On ne fait des recherches que lorsque la 2ème colonne est sans remplissage c'est à dire sur une espèce que l'on n'a pas encore rencontrée depuis qu'on a commencé cette "validation" (2ans et 1/2). Il y a quelques cas très rares ou le nom usuel n'est pas dans l'INPN ou est différent ; dans ce cas, la coloration est en rouge.

Exemle : Clitocybe alexandri est donné dans l'INPN sous le nom Clitocybe alborufescens, or c'est un nom que je n'ai même pas dans les synonymes d'alexandri sur le fichier AMF mais comme il figure en bonne place dans nos bouquins, je l'ai gardé tel que (et comme dans le fichier SMF) mais ai colorié la fameuse case en rouge.

Je rappelle le code des couleurs:

  • en vert : tout est validé (français par rapport au site SMF)+ latin (TAXREF/INPN) ;

  • en bleu : le latin est bon (vs INPN), le français est donné par au moins un de nos bouquins courants ;

  • en jaune : le latin est bon, le français vient d'ailleurs (déjà comme ça au fichier AMO d'origine, ou provenance document internet) ;

  • en orange : latin ok, pas de français connu ;

  • en rouge : ligne à revoir quand on verra plus clair, (taxon usuel non confirmé par l'INPN).

Si je rajoutais aujourd'hui le cortinarius decolorans, je le mettrais en rouge, le pb, c'est que je ne sais pas quels auteurs mettre derrière, sauf à reprendre strictement ceux de M. Bon et créer une ligne différente de celle du fichier SMF ; pourquoi pas.